Bir paleograf dünyanın en eski İncil kopyalarından birini, Vaticanus el yazmasını incelediği sırada Vatikan Kütüphanesi’nde vahşi bir şekilde öldürülür. Cesedin yanına da şifreli bir mesaj bırakılır. İtalyan polisi, maktulle iletişime geçen son kişi olduğu için Portekizli bir kriptolog ve tarihçi olan Tomás Noronha’yı olay yerine çağırır. Olayı inceleyen polis memuru Valentina Ferro, Noronha’yı kendisine yardımcı olmaya ikna eder. Hemen ardından dünyanın farklı yerlerinde işlenen iki yeni cinayet de onları ortada büyük bir sır olduğuna inandırır. Tomás ve Valentina’nın cinayetlerin nedenini bulmak ve katile ulaşmak için İncil’in içindeki muammaları çözmeleri gerekecektir, bu muammalar ise onları Yeni Ahit’in son sırrının yaşadığı Kutsal Topraklar’a götürecektir. Orada dünyanın en eski sırrıyla, İsa’nın gerçek kimliğiyle karşılacaklardır. Gerçek tarihsel bilgilere dayanan bu kitap, José Rodrigues dos Santos’un polisiye alanındaki ustalığını kanıtlıyor. İsa’nın Son Sırrı başarılı bir romandan da fazlasını yapıp okuyucuyu İncil’deki şaşırtıcı sırla tanıştırıyor.